Amnesia offre un outil de désinstallation et de nettoyage, non seulement pour les applications installées que vous souhaitez désinstaller, mais également pour les fichiers de Logs, le Cache de votre navigateur, les rapports de bugs et autres documents résiduels. Cet outil vous évite donc la fastidieuse recherche de ces éléments que vous devez supprimer manuellement en parcourant tous les dossiers de votre disque dur. Amnesia dispose d'un module de sauvegarde que vous pouvez restaurer en cas d'erreur. Enfin, Amnesia propose de générer une liste d'intouchables : fichiers que vous ne devez ni ne pouvez supprimer.
