Darwinia s'apparente à un jeu de stratégie en temps dans lequel vous contrôlez une civilisation virtuelle, les Darwinians. Un programme révolutionnaire, développé par un scientifique, a crée une véritable forme de vie sur ordinateur. Cette civilisation évolue à très grande vitesse et développe une technologie moderne en des temps records. Mais le jour du lancement de leur première fusée, les voila attaqués par une civilisation parallèle en provenance d'un virus informatique. Votre mission consiste à aider au plus vite l'inventeur de Darwinia à se débarrasser de ce terrible virus. Pour y arriver, vous devez vaincre les malins en créant une armée surpuissante. Il faut ensuite faire preuve d'ingéniosité pour adopter des stratégies efficaces étant donné votre infériorité numérique. Darwinia propose une véritable alternative aux jeux de stratégie actuels à travers un scénario solide et un "game-play" totalement novateur.