Run Jerry Run propose d'incarner Jerry, célèbre personnage de dessin-animé, dans un jeu d’action. La petite souris, après avoir subtilisé un morceau de fromage dans le réfrigérateur, se retrouve poursuivie par Tom, le chat. Aidez-la à rejoindre son trou au plus vite. Évitez les obstacles sur votre chemin, récupérez les bonus de vie, amassez les morceaux de fromage pour augmenter vos bonus mais évitez à tout prix de tomber plus de cinq fois sous peine de perdre la partie.