Shuri Kun retrace l'histoire d'un jeune ninja stagiaire, élevé dans un petit village. Lors de ses examens, son grand père le convoqua et lui donna les dernières recommandations pour devenir un vrai ninja. Sa mission consiste à se rendre dans la crypte de son ancêtre et à ramener le "scroll" sacré qui est certifiera que le jeune Shuri devient un vrai Ninja. Mais attention, il devra collecter les jetons pour passer d'une zone à une autre tout en évitant les dangers de la crypte.
