MAFFT

MAFFT fournit un programme d'alignement de séquence sur console pour les nucléotides et les acides aminés, offrant diverses méthodes d'alignement aux scientifiques.
Le logiciel ne fonctionne que dans la console Windows, mais il est également livré avec un script Powershell prêt à l'emploi que vous pouvez exécuter. L'avantage de cette application console est qu'elle peut être appelée par n'importe quelle autre application Windows.

La première chose que vous devez faire est de saisir le chemin du fichier d'entrée. MAFFT n'est compatible qu'avec des fichiers FASTA spécifiques contenant des séquences de nucléotides et d'acides aminés. Ensuite, vous devez entrer le nom du fichier FASTA de sortie et choisir entre les formats de sortie disponibles. Le logiciel met à votre disposition différentes alternatives, notamment les formats Clustal, Fasta et Phylip, triées ou dans l'ordre d'entrée. Sélectionnez simplement l'option souhaitée et MAFFT s'occupe du reste.