Dans Aquaria, vous aidez Naija une naïade qui part à la recherche de sa famille dans l'océan. Grâce à ses chants, elle a la force de changer les eaux qui l'entourent et de contre-attaquer les éventuels ennemis. A chaque chanson qu'elle apprend au fur et à mesure de son voyage, elle développe de nouvelles capacités. Passez les différents tableaux, évitez les créatures maléfiques et découvrez la vérité sur sa famille. Dans la version complète, vous pourrez créer vos propres mondes.