MobaXterm propose d'utiliser sous Windows les commandes Unix/Linux. L'application dispose d'un serveur X ainsi que d'un terminal qui permettent d'avoir sous la main un environnement Unix / GNU / Linux complet. MobaXterm se présente sous la forme d'un simple exécutable que l'on peut transporter sur clé USB et ne nécessite donc aucune installation. Le logiciel met à disposition des utilisateurs un Serveur X entièrement configuré et en Français (clavier, accents, etc...) et un terminal à onglet avec police lissée qui supporte les macros. Enfin, MobaXterm supporte l'export de l'affichage depuis n'importe quelle machine vers lui et peut utiliser le mécanisme de X11-Forwarding avec OpenSSH.
