Dans Stop GMO 2, vous incarnez un lapin parti en croisade contre les OGM et leurs méfaits. En effet, après avoir puisé en eau trouble vous décidez de descendre dans votre puis lorsque vous tombez nez-à-nez avec une armée de légumes vivants, élevés aux OGM et bien décidés à vous croquer tout cru. Muni d'un arsenal pour le moins dissuasif, vous abattez autant de cibles que possible tout en prenant soin de ramasser rapidement les bonus mis à disposition. Vie supplémentaire, fusil de chasse, Uzis, dynamite et plus encore vous sont ainsi proposés afin de retarder votre probable échec.