Nano War 2 propose une version plus complexe que son prédécesseur dans une guerre sans merci des cellules. Incarnez les cellules bleues et combattez les cellules rouges, jaunes et vertes pour sauver votre organisme de l'infection. Pour ce faire, vous disposez d'un nombre aléatoire de globules que vous développez en capturant de nouvelles cellules pour accroitre de façon conséquente vos défenses. Préparez dans le même temps votre attaque en laissant le temps à vos cellules de devenir de véritables forteresses capables de faire face à l'ennemi pendant le déploiement des vagues d'invasions.