Dans Free Space 2, vous pilotez un vaisseau spatial équipé de missiles et de lasers. Votre mission est de passer tous les niveaux pour accéder au dernier et vous battre avec l'ennemi principal : un énorme canon. Mais attention, vos rockettes sont limitées ne les utilisez qu'en cas d'extrêmement urgence. Vous avez néanmoins la possibilité de reconstituer vos munitions à l'aide de bonus que vous accumulez. A chaque niveau, vous affrontez un "boss" qu'il faut tuer pour passer au niveau suivant.
