Atomic Puzzle est un jeu de réflexion où vous devez regrouper des atomes de même couleur pour pouvoir déclencher une réaction en chaîne. Si les premiers niveaux restent simples, la difficulté augmente sensiblement à chaque tableau passé. De nouveaux objets apparaissent au fur et à mesure : peinture d'atomes, section de lien ou encore échange de position pour corser le jeu.