Directeur de recherche en bio-informatique chez Génome Express, Yves Vandenbrouck utilise quotidiennement l’informatique pour modéliser les entités biologiques. ” L’ordinateur remplace ma pipette et mes tubes. Je ne travaille pas in vitro ou in vivo, mais in silico, sur la puce “, déclare-t-il.Pour comprendre la résistance des organismes (pathogènes) aux antibiotiques, appréhender les modifications génétiques d’un individu atteint de diabète ou de cancer, ou encore analyser les variétés de blé, de colza ou de maïs, par exemple, le point d’entrée est toujours le génome. L’analyse à haut débit de son ADN permet de gérer des informations hétérogènes (tâches, signaux, spots, images de microscopes, etc.), d’en faire une étude syntaxique et d’en trouver les liens sémantiques pour restituer des résultats nécessaires aux avancées technologiques de la pharmaco-génomique. Les clients, de grands groupes pharmaceutiques ?” Aventis, l’Inra, l’Inserm, le CNRS ou l’Institut Pasteur, par exemple ?”, reçoivent, par connexion sécurisée ou sur CD-ROM, des séquences de gènes et des analyses après organisation de celles-ci sous la base de données Oracle. Théoricien de haut vol, Yves Vandenbrouck dirige une équipe de bio-informaticiens et d’informaticiens, avec laquelle il participe au projet Genostar. Celui-ci a pour objet la mise au point d’une plate-forme de génomique exploratoire sous Linux. ” Avec l’Inria Rhône-Alpes, l’Institut Pasteur et la société Hybrigenics, nous avons développé ce projet qui permet d’exploiter toutes les données concernant les gènes et leurs protéines associées sur la base d’un système de représentation des connaissances orienté objet. ”
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