Le marché de la bio-informatique (matériel, logiciel, services) est estimé par IBM à 3,5 milliards de dollars en 2000 et à plus de 9 milliards en 2003. Trois constructeurs partagent avec lui la plus grande part de ce marché : il s’agit de Compaq, Silicon Graphics et Sun.Le premier estimait avoir équipé 80 % des centres de recherche en génomique privés ou publics et évaluait que la bio-informatique représentait environ 30 % de son activité scientifique (le reste se répartissant entre l’industrie (ingénierie et simulation) pour 30 %, et la défense, l’éducation et la recherche pour 40 %. La puissance de calcul est principalement utilisée pour surveiller, durant la nuit, les informations nouvelles des différentes banques de données. Soit quarante mille à cinquante mille séquences et plus de deux mille protéines nocturnes.Le volume des informations biologiques double tous les six mois. Selon Jean-Jacques Codani, PDG de Gene-IT, filiale de l’Inria, spécialisée dans le développement de logiciel bio-informatique, “on produit plus de données qu’on ne peut en exploiter dans l’état actuel de la bio-informatique.” Le compte des molécules criblées (technique de Drug Discovery) est multiplié par deux quasiment tous les ans. Pour un grand laboratoire pharmaceutique, par exemple, le nombre de points de données est passé de trois cent mille par an en 1992, à cinq millions en 1996. Il devrait atteindre cinquante millions cette année.
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