Afin de suivre l’évolution de la pandémie de sida en Suisse, des documents anonymes rassemblent les résultats d’examens et les données sociales (habitudes de vie, profession du patient…) des quelque 10 000 malades déclarés. Ces derniers sont astreints à deux visites médicales au minimum par an. Elles ont lieu soit dans l’un des sept hôpitaux universitaires, soit chez quelques praticiens privés répartis dans le pays. Tous sont membres du Swiss HIV Cohort Study (SHCS). Auparavant, les données recueillies par les différents centres d’examens étaient envoyées par courrier aux hôpitaux du SHCS. Sur place, un opérateur reportait ces informations sur des formulaires papier, puis les envoyait, par voie postale, au centre de traitement du SHCS, situé à Lausanne, afin qu’elles soient saisies pour leur exploitation sur un mainframe. “Les informations doivent être dépourvues d’erreur, ce qui n’était pas le cas alors, chaque formulaire étant complexe donc source de fautes “, explique Walter Fierz, chef de projet et coordinateur du SHCS, également médecin de l’institut clinique de microbiologie et d’immunologie du canton de Saint-Gallen.
Archiver sur plus de vingt ans
Il y a deux ans, ce dernier décide de bouleverser le système et d’informatiser tous les échanges grâce à XML. La phase pilote, toujours en cours, est déployée à l’institut clinique de Saint-Gallen, avant d’être mise en place à Lausanne. Un formulaire XML remplace désormais tous les documents papier sans aucune intervention manuelle. “XML est un langage standard, indépendant des différentes solutions proposées par les éditeurs “, explique Walter Fierz. Il nous fallait un système à l’épreuve du temps. Les données médicales doivent, en effet,
être archivées pendant plus de vingt ans.” Les informations des laboratoires, sous forme de fichiers Excel ou Access, sont envoyées par e-mail à la clinique de Saint-Gallen. Elles y sont alors traitées par des requêtes SQL. Un logiciel libre, téléchargé sur Internet, récupère les champs de données et les place dans un document XML par l’intermédiaire d’une feuille de style XSL (Extensive Stylesheet Language). Les fichiers, désormais au format XML, sont alors stockés dans la base Tamino de Software AG.
Les documents sont ensuite envoyés par Internet en FTP au mainframe de Lausanne, à partir duquel travaillent les statisticiens. La base de données Oracle de Lausanne est équipée d’un interpréteur XML. Elle peut donc extraire les informations du fichier et les stocker dans ses tables. “Le système se révèle simple et ouvert, précise Walter Fierz. Nous avons conservé nos mécanismes de workflow existants, ce qui nous permet de vérifier la validité des informations et de purger les fichiers de toutes les données confidentielles comme le nom et l’adresse des patients.” Dans l’avenir, cette base de données devrait céder la place à une ou plusieurs bases Tamino. “Mais Tamino est encore jeune, et nous préférons tester correctement la base de données avant de finaliser notre choix “, tempère Walter Fierz. De même, les outils propres à Tamino devraient progressivement être utilisés. C’est le cas de Xnode, jusqu’alors non disponible, qui remplacera le logiciel libre servant à transférer les données des requêtes SQL dans des fichiers XML.
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